penerapan SIPADU DESA bertujuan untuk meningkatkan akuntabilitas, efektivitas, dan efisiensi dalam penghimpunan serta pelaporan data desa. Diharapkan seluruh desa dapat mengimplementasikan sistem ini secara optimal guna mendukung tata kelola pemerintahan desa yang baik (good governance). 

Tujuan SIPADU DESA diantaranya:

Dasar hukum dan kebijakan pendukung, Tata cara penginputan dan pembaruan data desa, Mekanisme pelaporan dan monitoring oleh Inspektorat, Manfaat sistem dalam mendukung pengawasan dan evaluasi kinerja desa.